Há quatro ecossistemas na Ilha do Cardoso, que fica perto de Cananéia: o manguezal, a restinga, o costão rochoso e a praia, ambos são muito importantes.
- Manguezal: fica em regiões de clima tropical ou subtropical. Desenvolve-se nos estuários e na foz de rios sendo um berçário para muitas espécies de animais marinhos, pois eles podem se reproduzir, há segurança para todas as espécies, há muitos nutrientes e se desenvolve em água salobra.
- Praia: é uma formação geológica, composta por partículas de rochas como a areia, cascalho, seixo, etc...Há dois tipos de praias, as praias oceânicas que sofrem grande influência das marés e das ondas e as praias fluviais que sofrem influência das cheias dos rios e dos sedimentos trazidos por ele.
- Costão Rochoso: va´rios tipos e tamanhos de rocha, onde várias algas e inúmeros espécies marinhas se alojam. Temos várias classes nesse ecossistema, como por exemplo, os Porífero, Cnidários,Moluscos e Equinodermos.
- Restinga: se localiza entre a Mata Atlântica e a praia, seu solo é arenoso, salgado e pobre em nutrientes, onde há uma grande variedade de bromélias.
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